1. Pada Masa Penjajahan Belanda
Pada masa penjajahan Belanda, di Yogyakarta sudah terdapat lembaga pendidikan Kristen yaitu sekolah-sekolah Zending yang diusahakan oleh gereja-gereja Nederland dan Vereneging Scholen yang diusahakan perkumpulan-perkumpulan di luar gereja.
Sekolah-sekolah Zending di Yogyakarta pada umumnya siswanya adalah anak-anak golongan pribumi, sedangkan Vereneging Scholen menyelenggarakan 4 macam sekolah yaitu : HIS, ELS, HCS dan MCS. Lulusan HIS yang berbahasa pengantar Belanda pada waktu itu mendapat penilaian lebih tinggi dibandingkan sekolah-sekolah yang memakai pengantar bahasa Jawa atau Melayu. Sekolah-sekolah HIS yang setingkat dengan itu yang terdapat di Yogyakarta misalnya :
2. HIS Bintaran Kulon.
3. KWS Gondolayu.
4. Christelijke Mulo Schol di Kotabaru (sekarang SMA BOPKRI 1).
5. Christelijke Huishound Schol di Jl. Jend.Sudirman (sekarang SMA BOPKRI 2).
1. Pada Masa Penjajahan Belanda
2. Pada Masa Pendudukan Jepang
3. Pada Masa Revolusi Kemerdekaan
Dalam masa perang kemerdekaan, umat Kristiani tidak mau ketinggalan, mereka turut berjuang menegakkan dan mengisi kemerdekaan. Partai Kristen Indonesia (Parkindo) didirikan pada 11 Mei 1945. Dalam konggres yang pertama di Surakarta, diputuskan didirikan lembaga pendidikan dengan nama BOPKRI, dengan Ketua Umum IP. Simanjuntak dan penulis Pujo Suseno.
Yayasan BOPKRI Yogyakarta didirikan di Yogyakarta pada 18 Desember 1945 dengan akte notaris : RM. Wiranto, 11 Mei 1946. Adapun asas dan tujuan BOPKRI adalah :
2. Turut setia dengan pemerintah dalam usaha mempertinggi derajat Bangsa Indonesia pada umumnya dalam dunia pengetahuan kebudayaan.
3. Memperluas pengajaran dan pendidikan kristen di dalam negara Republik Indonesia dengan usaha-usaha mendirikan segala macam sekolah baik yang memberikan pendidikan umum maupun kejuruan.
4. Dalam Clash II pada 19 Desember 1948, Belanda berhasil menduduki Yogyakarta. Yayasan BOPKRI telah menutup seluruh sekolahnya baik SR, SGTK, SMP maupun SMA BOPKRI. Kemudian pada Februari 1948, sekelompok kecil guru-guru kristen berkumpul di balai Pertemuan Kristen (BPK) sekarang Galeria Mall untuk membicarakan nasib sekolah-sekolah BOPKRI yang menghasilkan kebulatan tekat : ”Kita bertanggung jawab kepada Tuhan atas pendidikan yang bercirikan kristen, sekolah-sekolah BOPKRI harus dilanjutkan kehadirannya“.
3. Pada Masa Revolusi Kemerdekaan
4. Setelah Pengakuan Kedaulatan 1949
5. SMA BOPKRI 2 Yogyakarta
Sebagai tonggak sejarah BOPKRI Yogyakarta, setelah mengalami pasang surut, pada tanggal 01 Agustus 1949 dinyatakan sebagai hari lahir SMA BOPKRI 2 Yogyakarta. Hingga sekarang ini, setelah diakreditasi sebanyak dua kali akhirnya pada tahun 1977 SMA BOPKRI 2 Yogyakarta memperoleh status disamakan. Sejak awal berdiri hingga sekarang SMA BOPKRI 2 Yogyakarta sudah mengalami pergantian Kepala Sekolah sebanyak dua belas kali, beliau-beliau tersebut adalah :
1. Margono Paulus (1949 – 1957)2. Nathanael Daljoeni (1957 – 1963)
3. Eghbert Daniel Yohanes (1963 – 1969)
4. Widiatmoko Br (1970 – 1971)
5. Purwanto, B.A. (1971 – 1974)
6. Widiarso (1975 – 1977)
7. Tukidjo,W.S. (1977 – 1995)
8. S. Supadiyono (1995 – 2003)
9. Priyanto (2003 – 2007)
10. Sri Rahayuningsih, S.Pd (2007 – 2012)
11. Yusri, S.Th (2012)
12. Sri Sulastri, M.Pd. (2012 – sekarang)
5. SMA BOPKRI 2 Yogyakarta
